Samostan je podignut na mjestu ranijeg drvenog samostana kojeg je osnovao Nikola Zrinski. Današnji je sagrađen postupno između 1702. i 1750. godine. Crkva sv. Nikole (1707.-1728.) u unutrašnjosti ima polikromirani barokni inventar, a izvana je krasi reprezentativno pročelje tzv. pavlinskog tipa, koje je ukrašeno kipovima svetaca. Zvonik potječe iz sredine 18. stoljeća i također je u baroknom stilu.

Čakovečki je samostan danas duhovno središte Međimurja. U prošlosti je u njemu djelovala filozofska škola kao i škole moralnog bogoslovlja i crkvenog govorništva; o toj školskoj djelatnosti svjedoči samostanska zbirka filozofskih i teoloških rukopisa.